Chùa Tổ còn có tên chùa Phúc Nghiêm tự, thuộc làng Mãn Xá – Xa Hà Mãn – huyện Thuận Thành – Bắc Ninh. Chùa xây dựng vào khoảng thế kỷ thứ 2 sau Công nguyên năm 25 - 187. Năm 1313 chùa được tu bổ lại với 50 gian mà đôi câu đối thờ còn ghi lại:
“Ngũ thập gian phạm vũ huy hoàng nam thiên thắng tích
Thiên vạn cổ hương hoa cúng giàng bắc địa danh nam”.
Chùa thờ Phật mẫu Man Nương thuộc quần thể chùa Tứ Pháp gắn liền với truyền thuyết về Khâu Đà La-vị tổ của đạo Phật. Trong dân gian khi ấy đã lưu truyền câu: “Có Thầy ở mãi Tây Thiên, Luyện đạo tu thiền hiệu Khâu Đà La”. Tương truyền Khâu Đà La là vị Thánh tăng, trên bước đường giảng đạo đã đến vùng đất cổ Luy Lâu (Thuận Thành ngày nay).
Theo truyền thuyết ở làng Mèn xưa (tên Nôm của làng Mãn Xá) có nàng Man Nương-con của Tiên ông Tu Định-lên chùa học đạo. Một buổi sau khi quét dọn cửa chùa, Man Nương thiếp đi ngay lối ra vào. Đức Khâu Đà La đi giảng đạo về thấy vậy không nỡ đánh thức mà bước qua. Man Nương sau đó thụ thai và sinh hạ một bé gái.
Cùng với nhiều vị cao tăng đắc đạo khác, Ngài đã sáng lập nên hệ thống Tứ Pháp trong vùng bao gồm pháp Vân, pháp Vũ, pháp Lôi, pháp Điện ứng với mây, mưa, sấm, chớp. Hệ thống Tứ Pháp này đã nhanh chóng được đón nhận và đi vào đời sống tín ngưỡng dân gian, thể hiện sự tương thích giữa đạo và đời, nguyện cầu cho mưa thuận gió hòa, mùa màng tốt tươi, mang lại cuộc sống no ấm cho người dân và làm nên trung tâm phật giáo nước ta.
Đức Khâu Đà La mang hài đồng đến gần một cây dung thụ (cây dâu), không ngờ “tán cây xòe xuống và đứa trẻ biến vào thân cây”! Về sau cây bị mưa bão làm đổ xuống sông và trôi về vùng Luy Lâu. Dân phu các làng xô nhau ra kéo nhưng không tài nào đưa được cây vào bờ. Man Nương biết chuyện liền ra sông. Như có sự giao cảm của tình mẫu tử, nàng quăng dải yếm ra và kéo được cây vào bờ trước sự kinh ngạc của bao người. Chuyện xưa còn truyền rằng hài đồng sau đó đã hiển linh thành Thạch Cao Vương Phật ngự tại chùa Dâu. Thân cây dung thụ được người đời tạc thành bốn vị thần Tứ Pháp tương ứng và được thờ tại chùa Dâu, chùa Đậu, chùa Tướng và chùa Dàn thuộc các xã Thanh Khương, Trí Quả, huyện Thuận Thành. Gia trang của bậc sinh thành Man Nương được xây dựng thành chùa và người đời sau thường nhắc đến chùa Tổ với xuất xứ “Cải gia vi tự”.
Chùa Tổ gắn liền với lịch sử phật giáo Việt Nam và là nơi xuất hiện sớm nhất các công trình kiến trúc nghệ thuật cổ như giếng nước, chuông, khánh đồng, bia đá và nhiều bản khắc gỗ. Tại chùa hiện vẫn còn một giếng cổ tương truyền do Man Nương cắm cây gậy tích trượng của Đức Khâu Đà La tạo thành để cứu mùa màng khỏi khô hạn.
Từ mọi miền xa xôi trên đất nước ta các thiện nam, tín nữ hàng năm cứ đến ngày 8 tháng 4 (âm lịch) tấp nập hành hương về dự lễ hội chùa Tổ.
Chùa đã được xếp hạng di tích lịch sử văn hóa cỡ quốc gia vào ngày 20-4-2001.