Chùa Sét xưa kia thuộc thôn Giáp Lục, xã Thịnh Liệt, huyện Thanh Trì. Thanh Trì (tức “đầm xanh”) vốn là một dải đất trù phú nhờ có sông Hồng và con đường thiên lý từ phía nam kinh thành Thăng Long đi qua.

Xã Thịnh Liệt hay tổng Sét trước thế kỷ 15 gọi là Cổ Liệt, vốn có 9 giáp, duy nhất Giáp Lục có tên Nôm là làng Sét. Nay chùa thuộc tổ 7, phường Tân Mai, Hoàng Mai, hà Nội.

Vào thời kỳ Hậu Lê (đầu thế kỷ 17), khai sơ nước ta lấy nông nghiệp làm gốc nên nhân dân tổ chức lễ mong cầu mưa đảo, rước từ Dâu Keo, Bắc Ninh tới Thường Tín. Khi đi ngang qua đây thì gặp cơn mưa giông lớn, mọi người liền kéo nhau trú ẩn dưới gốc đa to. Mưa giông lớn, sét đánh tan cây đa mà toàn bộ người ở dưới gốc cây đều may mắn không gặp nạn. Người dân lại tiếp tục làm lễ, rước về Thường Tín. Sau khi làm lễ xong, trên đường quay về, tại chỗ cây đa bị sét đánh, thấy có gò cao lên 8 thước, người dân đành dựng am thờ Tứ pháp, và lấy tên là “Am Sét”. Sau đó mới dựng thêm “Đại Bi tự” thờ Phật.

Năm 1630, bà Đặng Thị Ngọc Dao là vợ của chúa Trịnh Tráng đã cho trùng kiến ngôi chùa, dựng điện Phật, tăng phòng, đến năm 1631 xây gác chuông ngũ quan hai tầng (theo kiến trúc trong Huế). Đến thời Gia Long (1809) và Bảo Đại (1927), chùa lại được trùng tu lớn.

Năm 1972, chùa Đại Bi bị bom Mỹ phá hủy hoàn toàn nên chùa Sét hiện nay là chùa Cổ Am cũ còn lại, gồm phần tầng dưới của cổng ngũ quan với 3 cột trụ lớn còn lại, 1 sân lát gạch nhỏ, chùa chính, nhà Tổ kiêm nhà Tăng. Khi chùa bị phá hủy, đã lộ ra một mả vuông, bên trong có rất nhiều tơ hồng, theo suy đoán có thể là mộ của bà Ngọc Giao, nhưng đến nay vẫn chưa thấy có sổ sách nào ghi chép lại.

Chùa Sét tuy đã bị hủy hoạt khá nhiều, nhưng những bộ phận còn lại ngày nay vẫn mang giá trị nghệ thuật cao. Chùa đã được công nhận là Di tích lịch sử – văn hóa năm 1999. Chùa chính xây theo kiểu truyền thống hình chữ “Đinh”. Toà Tam bảo nhìn về hướng tây. Phía trước có một loạt bia đá phủ rêu phong xếp hàng trên sân gạch nối liền với ngách thông ra phố Trương Định. Tiền đường rộng 5 gian và thượng điện sâu 3 gian nằm trên nền cao ráo, xung quanh cây cối um tùm. Bên trái là dãy hành lang dài nối xuống nhà hậu. Bên phải có nhà thờ Tứ Ân. Phía nam chùa có khu lăng mộ một bà chúa họ Lê, tương truyền là người có công xây dựng chùa Sét và cầu Sét.

Chùa Sét hiện nay do ni sư Thích Đàm Cần làm trụ trì. Hàng năm, vào ngày 18 tháng 1 Âm Lịch hàng năm, chùa tổ chức lễ giỗ Tổ là Hòa thượng người làng Giáp Nhị tại khu vực chùa Tăng. Ngày 12-16 tháng 2, lễ chùa của hàng Tổng (8 làng), người dân tổ chức lễ xin rước nước về dân thôn. Ngày 21/10 là giỗ Tiểu của Hòa thương dưới chùa Đậu. Những ngày lễ tại chùa đều thu hút đông đảo phật tử tứ phương cùng người dân trong vùng về tham dự.