Thực hiện đề án nghiên cứu khảo cổ học, tiến tới kỷ niệm 1000 năm Thăng Long- Hà Nội, Bảo tàng Lịch sử Việt Nam, VP.Ban chỉ đạo kỷ niệm 1000 năm Thăng Long và Sở VH-TT Hà Nội đã tiến hành điều tra và khai quật di tích chùa Báo Ân (vào các năm 2002, 2003, 2004).  

Kết quả thu được cho phép bước đầu nhận thức về ngôi chùa Báo Ân, một ngôi chùa lớn thời Trần có quan hệ với cuộc đời tu hành của ba vị Tổ sư phái Trúc Lâm thời Trần (vua Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang).

1. Hiện nay, có nhiều hố thám sát và khai quật được tiến hành ở các vị trí khác nhau trên gò đất, với diện tích gần 600m². Ngoại trừ dấu tích nền móng của lớp kiến trúc thời Nguyễn (cuối thế kỷ 19- đầu thế kỷ 20) đã huỷ hoại do lấy đất làm gạch, trong các hố đào đều thể hiện rõ 2 lớp kiến trúc có niên đại Lê Trung Hưng (thế kỷ 17- 18) và thời Trần (thế kỷ 13- đầu 14). Lớp móng thời Lê Trung Hưng nằm ở độ sâu trung bình 1m so với mặt bằng hiện tại. Móng kết cấu gồm một hàng gạch xếp đứng, khoá hàng gạch lát phía trong. Giữa hàng gạch lát và gạch khoá có một rãnh nhỏ rộng 5-7cm. Móng được xếp khít, không sử dụng chất kết dính. Gạch hình chữ nhật có kích thước 30 x 12 x 5,5cm. Kiểu kết cấu móng này đã gặp trong một số di tích thời Lê, rõ nhất là khu di tích Lam Kinh (Thanh Hoá). Hiện nay còn chưa thể phục dựng được mặt bằng và quy mô kiến trúc, nhưng dựa vào vết tích các đoạn móng dài 5 và 5,5m, có thể thấy kiến trúc thời Lê Trung Hưng trên cơ bản nằm đè lên lớp móng thời Trần phía dưới.

Điểm đặc biệt lý thú là việc phát hiện dấu tích móng và một số lượng phong phú các loại vật liệu trang trí kiến trúc thời Trần nằm ở độ sâu từ 1,2- 1,6m (ảnh). Móng thời Trần được xếp gạch chữ nhật so le có màu đỏ tươi, kích thước 32cm x 14cm x 4cm và 19,38cm x 19,4cm x 3,5cm và cũng không dùng chất kết dính, tương tự như cách xếp móng thời Lê. Đáng chú ý, có chỗ ở phía dưới đáy của móng được xếp thêm một hàng gạch nghiêng ở phía ngoài để gia cố. Nhìn chung, lớp móng thời Trần đã bị giai đoạn sau phá huỷ nặng nề. chúng tôi cũng ghi nhận thấy hiện tượng bóc dỡ và tái sử dụng vật liệu thời Trần ở những thời sau, đặc biệt là thời Lê Trung Hưng. Bên cạnh lớp gạch bó móng, trong các hố khai quật còn tìm được những mảng nền được lát bằng gạch vuông, có trang trí hoa cúc dây tinh tế, kích thước từ 31- 34cm, dày 5cm. Những mảng nền còn lại rộng từ 5-7m² và còn ăn sâu vào vách hố đào.

Tuy chưa tìm được toàn bộ các cạnh của móng, nhưng đã phát hiện được hai góc của mặt bằng kiến trúc, cho phép chúng tôi đoán định kiến trúc có hướng quay phía Tây, nhìn ra sông Thiên Đức. Trong lòng kiến trúc không còn chân tảng nhưng vẫn nhận ra được dấu vết gia cố bằng ngói và gạch đập nhỏ. Những vết gia cố này cho phép khôi phục được mặt bằng kiến trúc chùa thời Trần.

Ngoài móng và nền kiến trúc, còn thấy các hệ thống ống dẫn nước khá nguyên vẹn chạy ngang/dọc, ở các cấp khác nhau trong hố đào. Ống nước được xếp thẳng và liên kết với nhau bằng các đoạn ống đất nung hình trụ, dài trung bình 20cm, đường kính từ 14- 15cm. Có những đoạn ống, một đầu được dẫn vào một “hố ga” hình vuông bó bằng gạch bìa. Kiểu ống dẫn nước này gặp ở khu di tích thời Trần Côn Sơn- Kiếp Bạc. Đây là bằng chứng cho thấy, các “kiến trúc sư” đương thời đã rất lưu ý đến việc cấp thoát nước và vệ sinh môi trường?

Ngoài ra, còn có một mảng gia cố bằng gạch và ngói ken kiểu “nêm cối”, xếp hình tròn, đường kính khoảng 3m. Cách gia cố này giống “con đường” ở di tích Đoan Môn và di tích 18 Hoàng Diệu (Hà Nội). Tuy nhiên, chưa định rõ chức năng. Có giả thiết đó là đường chạy đàn, nhưng chưa thuyết phục vì quy mô quá nhỏ.

2. Sưu tập di vật chủ yếu là vật liệu kiến trúc và đồ gốm men, niên đại kéo dài từ thế kỷ 13- 19, nhưng tập trung nhất là thời Trần (thế kỷ 13- đầu thế kỷ 14).

Đồ gốm ít có những tiêu bản nguyên vẹn, với các loại hình bát, đĩa, âu, chân đèn, lư hương. Những đồ gốm gia dụng như bát, đĩa, âu được phủ men trắng ngà, men ngọc được trang trí hoa dây khắc chìm (ám hoạ). Đồ gốm hoa nâu và men nâu chiếm tỷ lệ ít hơn. Ngoài ra còn thấy loại men lam gỉ sắt, mà một số nhà nghiên cứu gọi là men tiền lam. Bên cạnh loại gốm men còn thu được một số lượng đáng kể đồ đựng bằng sành thời Trần gồm bình, vại, ang nông lòng.

Qua nghiên cứu, cho thấy chùa Báo Ân là một ngôi chùa có quy mô to lớn, gồm nhiều đơn nguyên kiến trúc, bao gồm cả chùa và tháp. Các công trình này đều có quy mô “lớn” bởi đây là ngôi chùa “vua”, với sự quan tâm đặc biệt của triều đình. Mặc dù diện tích khai quật còn “khiêm tốn”, nhưng sự xuất hiện của các vết tích bó móng, nền, gia cố chân tảng…. cùng hệ thống di vật đi kèm đã chứng minh điều đó.