Chùa được khởi dựng từ lâu đời, trải qua thời gian thiên nhiên, chiến tranh tàn phá, chùa được trùng tu tôn tạo nhiều lần nhưng vẫn giữ được dáng vẻ trầm mặc thâm nghiêm, với quần thể kiến trúc từ thời Lê Trung hưng đến Nguyễn, đậm đặc nhất là kiến trúc thời Hậu Lê thế kỷ 17. Đây có lẽ là một trong số rất ít những ngôi chùa còn giữ được khá nguyên vẹn các công trình kiến trúc, hệ thống tượng phật, đồ thờ tự và các minh văn trên gỗ, đá từ thời Lê.

Các tư liệu thành văn còn lại trong chùa như bia đá, chuông đồng, biển gỗ có rất nhiều ý nghĩa, đó là nguồn sử liệu chứa đựng nhiều thông tin về ngôi chùa. Văn bia có niên đại sớm nhất tại chùa Bút Tháp là bia Phụng lệnh chỉ tạo năm Phúc Thái 4 (1646), nhưng những tấm biển gỗ khắc đại tự treo chính giữa gian Tiền đường, Thiêu hương còn có niên đại sớm hơn cả bia đá. Hiện nay tại chùa Bút Tháp vẫn còn hai tấm biển gỗ có niên đại Dương Hoà 8 (1642), là bằng chứng sớm nhất có văn bản khắc xác nhận ngôi chùa.

Một tấm biển được treo tại gian giữa toà Tiền đường, khắc những dòng chữ Hán sau: Sắc kiến Ninh Phúc thiền tự. Dương Hoà bát niên tuế thứ Nhâm Ngọ trọng hạ cốc nhật. Hu Giang tán nạp Tại Tại Thanh Nguyên cư sĩ thư. Nghĩa là: “Sắc cho xây dựng thiền tự Ninh Phúc. Ngày lành giữa mùa hạ năm Nhâm Ngọ, niên hiệu Dương Hoà thứ 8 (1642). Thanh Nguyên cư sĩ Tại Tại đến từ Hu Giang viết chữ”.

Tấm biển thứ hai được treo chính giữa toà Thiêu hương, nội dung khắc là: Đại hùng bảo điện - ngự chế. Dương Hoà bát niên tuế thứ Nhâm Ngọ mạnh đông cốc đán trùng hưng. Thanh Nguyên sơn nhân Phật đệ tử Âu Thể Chân Huân Mộc thư. Nghĩa là: “Điện quí Đại hùng (chữ Vua ban). Trùng hưng vào ngày tốt tháng mạnh đông (tháng 10) năm Nhâm Ngọ, niên hiệu Dương Hoà thứ 8 (1642). Thanh Nguyên sơn nhân, đệ tử của Phật là Âu Thể Chân Huân Mộc viết chữ”.

Như vậy qua nội dung hai biển gỗ trên cho chúng ta biết chùa Ninh Phúc được Vua ban sắc cho xây dựng vào giữa mùa hạ năm Nhâm Ngọ niên hiệu Dương Hoà thứ 8 (1642). Nhưng ở đây còn có thể hiểu là chùa được xây dựng từ trước đó, đến năm Dương Hoà 8 thì hoàn thành và người ta cho khắc chữ lên biển gỗ. Cách hiểu này theo chúng tôi là hợp lý hơn vì ngày tháng ghi trên biển gỗ để xác định mốc thời gian viết chữ, còn nếu như muốn khẳng định đó là thời gian dựng chùa thì phải ghi rõ hơn như trên biển gỗ thứ hai.

Chúng ta có thể hình dung sau khi xây dựng xong Ninh Phúc thiền tự thì người ta lại tiếp tục xây dựng lại điện qúi Đại Hùng, đặc biệt bốn chữ Đại Hùng bảo điện lại là chữ của nhà Vua ban cho. Trong văn bia “Sắc kiến Ninh Phúc thiền tự bi kí”, niên hiệu Phúc Thái 5 (1647) đặt tại chùa Bút Tháp, nhà sư Minh Hành cũng đã nhắc tới điện Đại Hùng như sau: “Đại Hùng bảo điện lâm giang chử”, nghĩa là: Đại Hùng bảo điện cạnh bờ sông.

Điều đáng lưu ý là hai người viết chữ trên hai biển gỗ ấy đều là người Trung Quốc. Người thứ nhất là Thanh Nguyên cư sĩ Tại Tại đến từ Hu Giang. Đây chính là nhà sư Minh Hành Thích Tại Tại đã đến tu ở chùa Ninh Phúc cùng với Hoà thượng Chuyết Công. Theo văn bia Sắc Tôn Đức tháp khoán thạch, tạo năm Đức Nguyên 1 (1674) thì ông sang Đại Việt vào năm Đức Long 5 (1633) theo sư Phổ Giác đi hành giáo. Năm Phúc Thái 2 (1644) ông thụ y bát và mất năm Vĩnh Thọ 2 (1659) tại chùa Ninh Phúc, thọ 64 tuổi. Hoà thượng Minh Hành được ca ngợi là người có đạo cao đức trọng, giới hạnh nhẫn nhục, khiến cho vật vô tri cũng phải cúi đầu cảm phục. Ông cũng là người góp phần làm cho chùa Bút Tháp trở nên nổi tiếng, khi mất ông được ban sắc cho xây tháp giữ nhục thân, và được Diệu Tuệ tức Công Chúa Lê Thị Ngọc Duyên mua ruộng cúng giỗ cho thầy.

Như nội dung trên biển gỗ đã ghi cho ta biết năm Dương Hoà 8 (1642) ông vẫn còn đang là một cư sĩ, chưa được thụ y bát, đến năm Phúc Thái 2 (1644) ông mới được truyền thụ. So sánh nội dung văn bia với thông tin trên biển gỗ chúng ta có thể biết khi ông đến viết chữ trên biển gỗ treo tại chùa Ninh Phúc là năm ông đã 48 tuổi và đã sang Đại Việt được 11 năm. Có thể lúc này ông đã về chùa Ninh Phúc và có quan hệ mật thiết với nhà chùa nên mới được mời viết chữ trên biển gỗ ghi lại sắc chỉ của nhà Vua cho phép xây dựng lại chùa Ninh Phúc.

Còn người viết chữ thứ hai trên biển gỗ tạo vào đầu mùa đông năm Dương Hòa 8 (1642) là Âu Thể Chân Huân Mộc cũng là một người Trung Quốc, ông là tác giả của bài văn bia “Hiến Thuỵ am Báo Nghiêm tháp” dựng năm Phúc Thái 5 (1647).

Như thế là sau khi xây dựng lại chùa Ninh Phúc và điện Đại Hùng, vào năm Dương Hoà 8 (1642) người ta mới chỉ kịp khắc chữ ghi lại vào mấy tấm biển gỗ để treo. Đến năm Phúc Thái 5 (1647) lệnh chỉ của Chúa Trịnh đã được khắc vào bia “Phụng lệnh chỉ” và có thêm bốn văn bia được dựng ghi lại quá trình xây dựng, trùng tu chùa.

Như vậy, trải trường kỳ lịch sử những tấm biển gỗ có niên đại gần bốn trăm năm tuổi còn giữ được tại chùa Bút Tháp vẫn sừng sững như thi gan cùng tuế nguyệt, đã tôn lên giá trị cổ kính của ngôi chùa và là nguồn sử liệu vô cùng quí giá giúp cho du khách thập phương và các học giả trong ngoài nước tìm hiểu, nghiên cứu về ngôi chùa này trên nhiều phương diện khác nhau. Kính nghĩ, đây là những tấm biển quý mang đậm dấu ấn của vùng đất văn hiến, cần được bảo quản gìn giữ, tránh để mối mọt hư nát, nhằm bảo tồn những giá trị cổ, góp phần phát huy nét đẹp văn hóa của vùng đất cổ Thuận Thành - Bắc Ninh.