Đình Linh Đàm thờ Thành hoàng là Bảo Ninh Vương. Theo truyền thuyết, Bảo Ninh Vương vốn là thuỷ thần, học trò Chu Văn An, đã có công làm ra mưa chống hạn cho dân làng quanh vùng. Nhưng cũng chính vì làm trái với ý trời nên vị Thuỷ thần đó đã bị sét đánh chết. Nhân dân các xã nhớ ơn nên đều thờ thần làm Thành hoàng. Tục truyền Đầm Mực, thuộc làng Quỳnh Đô, chính là nước mưa đen như mực hôm đó tạo thành. Còn mộ của Bảo Ninh Vương, hiện nay, vẫn được bảo lưu tại khu đất Cầu Bươu, xã Thanh Liệt, huyện Thanh Trì.
Tài liệu sớm nhất nhắc đến thần tích của đình Linh Đàm là Lĩnh Nam chích quái của Vũ Quỳnh và Kiều Phú. Một tài liệu muộn hơn có nhắc đến thần tích đình Linh Đàm là ghi chép của Đông các Đại học sĩ Nguyễn Bính. Theo ghi chép này thì người thầy đã được cụ thể hoá thành một nhà giáo mẫu mực là Chu Văn An. Ghi chép ghi lại là: "Vào thời nhà Trần có danh nho tên là Chu Văn An thi đỗ Thái Học Sinh nhưng không ra làm quan, ông trở về quê hương mở trường dạy học ở xã Cung Hoàng, huyện Thanh Trì, Hà Nội. Trong số học trò của thầy có một thư sinh rất chăm đến nghe thầy giảng nhưng không rõ tung tích. Thầy cho trò lần tìm mới hay thư sinh đó học xong thường đi ra đám lau sậy bên bờ đầm Lân Đàm (nay là đền Gàn) thì mất tích. Chu Văn An biết đó là thuỷ thần.
Thời ấy, phải năm đại hạn, dân tình đói khổ, Chu Văn An liền gọi chàng thư sinh là thủy thần đến bảo có cách gì cứu dân. Chàng thư sinh suy nghĩ trong chốc lát rồi lấy nghiên bút ra đổ nước mài mực và dùng bút thấm mực vẩy ra khắp bốn phương. Mực son vung lên trời thành sấm chớp. Mực đen vung lên trời thì mây đen kéo đến và mưa tầm tã, nước đen như mực. Sau một tuần mưa, chàng thư sinh từ trường vội đi về bờ đầm, bỗng trên trời có tiếng nổ lớn. Thày trò ra đầm thì thấy có một xác thuồng luồng nổi lên ở đầm. Chu Văn An cùng học trò và dân chúng trong vùng mai táng xác thuồng luồng. Nay mộ đức thánh Bảo Ninh vẫn còn ở đó".
Đình Linh Đàm hiện nay có kiến trúc khá đồ sộ và độc đáo. Từ ngoài vào là Nghi môn ngoại xây kiểu tam quan, bên trên có các góc đao cong, bên dưới tạo cửa cuốn vòm. Tiếp đến là nghi môn cột xây kiểu tứ trụ, phần ô lồng đèn đắp đề tài tứ quý, thân trụ bổ khung đắp các đôi câu đối, đỉnh hai trụ bên là đôi nghê. Phía trước đình là bức bình phong đắp dạng cuốn thư. Tiếp đến là một khoảng sân rộng lát gạch Bát dẫn vào khu thờ.
Nhà tiền tế gồm 5 gian hai chái, mái lợp ngói ta, bờ nóc, bờ dải đắp kiểu bờ đinh. Các bộ vì đều có kết cấu theo kiểu “thượng giá chiêng, hạ kẻ”. Giá chiêng được tạo thành bởi hai cột trốn đặt trên câu đầu to, dày. Đầu kẻ ăn sâu vào chân mộng, cột quân và cột hiên. Các hàng cột đặt trên các chân tảng bằng đá. Bộ khung đại đình được trang trí tỉ mỉ, tạo cho các bộ vì trang trí hoa lá, vân mây, bằng kỹ thuật chạm nổi, đường nét to mập, cân xứng với kích thước của các rường. Đầu kẻ chạm sâu các hình rồng mây.
Hậu cung gồm ba gian sát sau trung tế, xây kiểu tường hồi bít đốc. Bộ vì đỡ mái làm kiểu “ván mê đắp hình hổ phù”. Hiện tại ở đình còn bảo lưu được 15 đạo sắc phong, trong đó đạo sắc có niên đại sớm nhất là niên hiệu Cảnh Hưng 44 (1783) và đạo sắc có niên đại muộn nhất là Khải Định 9 (1924); 1 cuốn thần tích do Đông các đại học sĩ Nguyễn Bính soạn vào năm Hồng Phúc (1572); 1 tấm bia đá “Phụng sự hậu thần bi ký” niên đại Chính Hòa 10 (1689)… Đặc biệt, Đình còn lưu giữ 1 bức hoành và 1 đôi câu đối của vua Khải Định tặng. Chữ ở các câu đối đều được khắc rất đẹp, nội dung hàm súc, ca ngợi công đức của người học trò đầy nghĩa khí:
Mặc vũ đại thiên công vạn cổ ân ba hà hải nhuận;
Thanh Đàm chung địa tú thiên thu để trụ ngật phong cao.
(Mưa mực thay trời, muôn thủa công ơn ngang biển cả;
Thanh Đàm hun đúc, ngàn năm miếu mạo ngất trời cao)
Trước đây, lễ hội đình Linh Đàm diễn ra vào tháng 8. Từ sau năm 1954, việc tế hàng tổng không còn duy trì, người Linh Đàm tổ chức hội tưởng niệm Bảo Ninh Vương vào ngày 10 tháng 2 âm lịch.
Để chuẩn bị cho ngày lễ hội, từ ngày 9 tháng 2, dân làng dọn dẹp vệ sinh đường, ngõ xóm và lau rửa các đồ tế lễ đình, lắp ráp kiệu. Xưa làng có hai giáp (giáp Thượng và giáp Đông), mỗi giáp có một ao chung. Ngày nay, trai đinh tát ao đánh cá chọn con to để hôm sau làm cỗ thờ.
Ngày 10 tháng 2, dân làng Linh Đàm tổ chức lễ hội truyền thống. Sau những nghi lễ tế thần do các cụ ông dậy từ năm giờ sáng thực hiện, làng tưng bừng vào cuộc rước. Hai cỗ kiệu bát cống sơn son thiếp vàng được kê đặt ngay ngắn ở trước cửa đình. Cụ thủ từ cùng các vị chức sắc của làng vào hậu cung mang long ngai bài vị đức thánh Bảo Ninh và một chóe nước lớn ra đặt vào một kiệu. Lại vào hậu cung đem chiếu bài vị bà chúa Trần Thị Ngọc Tể (thờ hậu) ra đặt vào kiệu thứ hai. Đám rước được tiến hành theo trật tự sau: đi đầu là đội cờ, tiếp đến là đội nhạc trống, đàn bát âm, đặc biệt đội nhạc có một chiếc cồng lớn do một cụ già đánh tạo ra hiệu lệnh dẫn đội kiệu thánh. Sau đó là kiệu đức thánh Bảo Ninh do 18 thanh niên chưa có gia đình đổi vai nghênh nước tục gọi là kiệu thánh ông. Tiếp đó là kiệu bà chúa Trần do 18 con gái làng chưa chồng đổi vai rước, tục gọi kiệu bà chúa. Phù giá kiệu là người cầm lọng, cầm tàn và dân làng.
Hội rước khởi hành vào hồi bảy giờ sáng từ đình làng đi quanh làng Linh Đàm, qua làng Đại Từ xuống tới vực Tựu - Tựu Liệt - Tam Hiệp - Thanh Trì. Tương truyền đầm Tựu là dấu tích nơi đức thánh Bảo Ninh bị trời phạt. Các cỗ kiệu được đặt bên bờ vực Tựu, các bô lão đón chóe nước xuống và tế lễ chọn giờ tốt lấy nước cho vào chóe đón tay nhau đưa chóe nước vào kiệu làm lễ tạ và rước kiệu đức thánh Bảo Ninh, kiệu bà chúa họ Trần về đình làng, hoàn giá thánh vào cung, lại đặt chóe nước vào ban thờ thánh. Nước này dùng làm nước cúng thần quanh năm.
Bô lão quanh làng tiếp tục tổ chức tế lễ. Điều đặc biệt là mâm cỗ cúng Thủy thần gồm những cá to đánh bắt từ ao làng đều phải chặt bỏ đầu, có món nướng hoặc rán và món cá nấu dấm rượu và nghệ. Việc cỗ cúng có kèm bỏ đầu liên quan đến sự tích vị thủy thần làng Linh Đàm thờ bị trời phạt đánh mất đầu chỉ còn thân xác nổi lên ở đầm. Ngày hội ở đình Linh Đàm còn có tổ chức các trò diễn dân gian như đánh cờ người, bắt vịt, bơi thuyền trên đầm.
Với nhiều giá trị lịch sử văn hóa, đình Linh Đàm đã được Bộ văn hóa - thông tin xếp hạng là di tích lịch sử kiến trúc và nghệ thuật tại quyết định số 1460/VH ngày 28 tháng 6 năm 1996. Đình Linh Đàm hiện là một địa chỉ văn hóa lịch sử, điểm đến tham quan hấp dẫn, điểm du lịch sinh thái, du lịch nghiên cứu của quận Hoàng Mai, Thăng Long Hà Nội nghìn năm văn hiến.