Theo các nhà nghiên cứu phân tích thì tên chùa, tên núi Bổ Đà bắt nguồn từ chữ Bu Đa - Phật mà dân gian quên gọi là Bụt? Nếu sự phân tích này là đúng thì Phật giáo đến đây từ khá sớm và tên núi gắn liền với tên chùa.

Còn theo truyền lại từ thuở khai thiên lập địa trong địa phận Tiên Lát có ba ngọn núi lớn, mỗi ngọn có tên riêng. Cao nhất là Phượng Hoàng Sơn, có nhiều đá mọc thông reo, ngọn thứ hai là Mã Yên Sơn và ngọn thứ ba là Kim Quy Sơn. Cả ba ngọn có tên chung là núi Bồ Đà, giải núi nhấp nhô, cây xanh tươi tốt ngàn thông: họp gió mát chim kêu nên sau này có nhà sư đã dựa vào phong cảnh thiên nhiên mà viết nên những dòng mô tả về chốn tổ Bồ Đà như sau:

Bốn bề phong cảnh lạ thay

Bồng lai kia cũng thế này mà thôi

Cũng theo truyền lại trên đỉnh núi có khoảng đất bằng phẳng rộng hơn chiếc chiếu, tục truyền là nơi Bồ Tát xuất thế. Xưa không nhớ thời nào, trong làng có một người tiều phu hàng ngày vào rừng kiếm củi nuôi thân nhưng chưa có con trai. Một hôm vác búa cắp dìu lên núi kiếm củi bỗng gặp một gốc cây thông già, mỗi nhát bổ ông lại niệm: “Quan thế âm Phật”. Sau đó được 32 đồng tiền ở gốc cây, tự lấy làm lạ bèn đến vị cao tăng hỏi thì cao tăng bảo rằng: “Đức phật quan âm có 32 điều ứng”. Người tiều phu khấn cầu rằng: “Nhược bằng đức Phật quan âm phù hộ cho tôi sinh con trai, tôi xin dựng chùa thờ”.

Quả nhiên sau đó người tiều phu có con trai thực, rồi dành dụm được ít tiền bèn dựng một ngôi chùa lợp gianh và tô một pho tượng Quan âm Tống Tử để hương khói phụng thờ. Sau dần dần nhiều người qua lại lễ bái, cầu việc gì cũng đều biến ứng, bèn trở nên nơi danh lam thắng cảnh, vì thế gọi tên là chùa ông Bổ.

Truyền thuyết thì như vậy, còn dấu vết vật chất và thư tịch còn lại ở chùa cho biết chùa được xây dựng lớn từ thời Lê. Năm Quí Mão niên hiệu Bảo Thái nhà Lê (1720 - 1729) có vị trụ trì tên là Phạm Kim Hưng tiến hành trùng tu toà chính diện, thiêu hương, tiền đường, dựng cột đá, cột gỗ làm thêm được vài gian, nhưng bia đá chữ mờ không còn gì là dấu vết người xưa.

Đến niên hiệu Cảnh Hưng nhà Lê (1740 - 1786) có vị sư tổ họ Ngô quê ở làng Bình Vọng, huyện Thương Phúc, tỉnh Hà Nội (nay là huyện Thường Tín, thành phố Hà Nội). Ngài từ bỏ vinh hoa phú quý, xuất gia tu đạo, sắc phong là Hảo tiết hoà thượng, tự là Tinh Anh, vân du tới đây ngắm thấy phong cảnh địa linh tịch tĩnh, có thể lập thành nơi kha trường thuyết pháp, bèn cùng với nhân dân xây dựng chùa Tứ Ân và am Tam Đức. Lại trùng tu chùa Quán Âm, dùng gỗ lim gạch ngói xây dựng một gian, cử tăng già chùa Tứ Ân chủ trì. Từ đó trở thành nơi tùng lâm sầm uất.

Chùa Bổ bao gồm cả chùa Tứ Ân, nên nó còn có tên Tứ Ân tự, kế truyền đến đời thứ tư là hoà thượng Chiếu Không, trùng tu một ngôi hai gian bằng đá xây vào năm Giáp Ngọ, niên hiệu Minh Mạng (1820 - 1840). Đến năm Giáp Dần niên hiệu Thiêu Trị (1841 - 1847) lại đúc tượng Quan Thế Âm, tiếp tục xây dựng chùa Tứ Ân nhất nhất đều mới. Năm Bính Ngọ niên hiệu Tự Đức (1847 - 1883) đệ tử là ngài Phả Thuần lại dựng tiền đường năm gian làm nơi từ tụng.

Tiếp đến các hoà thượng Như Chiếu, Phả Tiến và các Hòa thượng sau này đã nhiều lần trùng tu mở mang xây dựng thêm chùa thành nơi tùng lâm quy mô rộng lớn, Thạt là:

“Cảnh thiên nhiên đã sẵn bày

Mở mang lại có bàn tay con người”

Chùa Bổ Đà là một trung tâm Phật giáo lớn của tỉnh Bắc Giang thuộc thiền phái Trúc Lâm, hay Trúc Lâm tam tổ. Trúc Lâm là thiền tông thứ tư ở Việt Nam do Điều Ngự giác hoàng Trần Nhân Tông (1279 - 1293) lập ra ở Yên Tử thuộc dòng Lâm Tế nhưng có tính chất độc lập sáng tạo của Phật giáo ở Việt Nam nên được coi là tổ đệ nhất. Tổ đệ nhị là Kim Cương Pháp Loa và tổ đệ tam là Huyền Quan. Cả ba vị tổ đều có tượng thờ ở nhà tổ của chùa.

Chùa Bổ Đà còn là nơi kế truyền các vị tổ sư khai trường thuyết pháp đào tạo các tăng ni. Hàng năm kết hạ an cư có các vị tăng ni tín đồ tham thiền học đạo khá đông. Các vị tổ sư còn cho khắc nhiều bản kinh luật đạo thừa như: Lăng nghiêm chính mạch, Yết ma hội bản, Nam Hải ký quy… để phục vụ cho việc đào tạo truyền bá kinh Phật, làm cho kho tàng pháp bảo của phật giáo Việt Nam càng thêm phong phú.

Trải qua những biến thiên của lịch sử, mặc dù có những lúc chùa là địa điểm sản xuất vũ khí của bộ đội ta trong thời kỳ kháng chiến chống Pháp (1946 - 1954), nhưng chùa Bổ Đà vẫn còn bảo lưu được khá nguyên vẹn các công trình kiến trúc. Toàn bộ chùa có diện tích khoảng 51.784m² được phân ra làm ba khu rõ rệt. Khu vườn: 31.000m², khu nội tự chùa 13.000m²  và khu vườn tháp rộng: 7.784m².

- Khu vườn tháp: được xây tường đất kè đá. Vườn có 87 tháp (không kể 18 mộ không xây) được xây vào các thời điểm với nhiều kiểu loại khác nhau.

- Khu vườn chùa: được trồng các loại cây ăn quả truyền thống và các loại hoa màu theo thời vụ. Xung quanh được đào hào (rộng 2m sâu 1,5m) vừa để thoát nước vừa để ngăn cách bảo vệ.

- Khu nội tự chùa: toàn bộ khu chùa hiện nay gồm 16 toà nhà lớn nhỏ với tổng số 92 gian được bố trí như sau:

Từ cổng vào chùa dài 45m, đường rộng 3,2m nền lát đá muối có kích thước to nhỏ khác nhau. Cổng có hai lớp, lớp thứ nhất cách lớp thứ hai là 27m. Cổng xây theo kiến trúc thời Nguyễn mang dáng dấp gác chuông.

Tiếp đến là nhà bếp dài 11m, rộng 5 m gồm 4 gian lợp ngói tường xây gạch.

Từ nhà bếp đến nhà để dụng cụ, cối xây, giã cách nhau 4m. Nhà dài 16m, rộng 5m gồm 7 gian lợp ngói, kết cấu kèo kìm đơn giản.

Nhà tạo soạn dài 17m rộng 5m gồm 7 gian. Tường gạch lợp ngói nền lát gạch vuông. Kết cấu khung nhà kiểu tiền kẻ hậu bẩy. Phía trước sân gạch to, kích thước 18m x 8,5m.

Nhà tổ ly nằm sau nhà tạo soạn. Nhà dài 18m rộng 6,5m, nền nhà cao 0,8m gồm 7 gian. Tường gạch lợp ngói nền lát gạch.

Nhà tổ dài 20m rộng 6,5m nền cao 0,90m có 7 gian, tường gạch, lợp ngói, nền lát gạch vuông.

Nhà tiền tế dài 20m rộng 8m gồm 5 gian. Nhà khung gỗ kiến trúc kiểu chồng giường, tường gạch lợp ngói. Phía trước là sân gạch, kích thước 12,6m x 9,30m.

Nhà in Kinh: làm theo kiểu chuồng diêm 2 tầng cao 8m gần vuông có kích thước 6m x 5,5m, tường gạch lợp ngói, nền lát gạch vuông.

Nhà trai dài 9,5m x 6,5m gồm 3 gian, tường gạch, lợp ngói.

Nhà hành lang hình thước thợ dài 7m nối từ nhà trai đến nhà pháp là 2,50m.

Nhà pháp dài 14m rộng 6m gồm 7 gian, tường gạch, lợp ngói, nền lát gạch vuông.

Dãy hành lang dài 14m x 4,5m gồm 6 gian tường gạch, lợp ngói. Tiếp đến là bể nước, được xây sát tường hậu toà tam bảo.

Toà tam bảo kiến trúc theo kiểu chữ đinh. Phần hậu cung dài 12m x 7,7m gồm 5 gian. Toà tiền đường dài 21m x 11m có 7 gian, tường gạch, lợp ngói, nền lát gạch vuông, nền nhà cao 0,90m có 3 bậc. Bậc thềm được lát bằng những phiến đá xanh có kích thước to nhỏ khác nhau. Phía trên là 5 bộ cửa bức bàn.

Bên cạnh toà tam bảo là 1 bể nước có kích thước như bể trên.

Dãy hành lang dài 14m rộng 4,5m gồm 6 gian.

Nhà khách, nơi hoà thượng Thích Quảng Luân ở, nhà dài 15m rộng 8m 7 gian. Hai gian đầu là lối lên gác, kiểu nhà chồng diêm.

Nhà tiếp khách dài 15m rộng 5,5m gồm 6 gian, tường gạch, lợp ngói. Khung nhà bằng tre ngâm.

Nhà ga dài 17m rộng có 6 gian. Khung nhà bằng tre ngâm lợp ngói. Nhà dùng để thi hài và làm thủ tục ma cho các vị sư quá cố. Phía trước nhà ga là sân gạch lớn có kích thước 15m x 12,5m.

Nhà trâu dài 8m x 4m gồm 3 gian, chuồng lợn dài 5,5m rộng 3m gồm 2 gian, đều lợp ngói.

Tất cả các công trình kiến trúc trong khu nội tự chùa được xây dựng bổ sung qua nhiều thế hệ người trụ trì. Dấu vết kiến trúc còn lại cho thấy các công trình được xây dựng vào thời Lê - Nguyễn. Từ khi khởi dựng đến nay nó vẫn ở nguyên vị trí ban đầu. Về mặt không gian dành cho khu chùa này rộng rãi thoáng đạt, xung quanh là đồi núi xóm làng bao bọc. Toàn bộ khu chùa được xây dựng ở phía bắc chân núi Phượng Hoàng thuộc thôn Thượng Lát xã Tiên Sơn - huyện Việt Yên ngày nay. Cùng với các công trình kiến trúc, chùa Bổ Đà hiện nay còn lưu giữ được nhiều tài liệu hiện vật quý hiếm có ý nghĩa cho việc nghiên cứu khoa học và giáo dục truyền thống đối với các thế hệ. Ngoài hệ thống tượng Phật theo dòng phái Trúc Lâm, ở chùa còn lưu giữ nhiều văn bia, văn khắc như: câu đối, đại tự, sách kinh phật, các bộ hương án, đồ thờ giá trị về mặt lịch sử văn hoá thời Lê - Nguyễn. Cũng qua các hiện vật, thư tịch còn lại ở chùa không chỉ giúp cho chúng ta hiểu được sự hình thành phát triển của ngôi chùa, của Thiền phái Trúc Lâm mà cả lịch sử văn hoá của một vùng giàu truyền thống. Đôi câu đối treo ngay nhà tiền tế phần nào nói lên ý nghĩa đó.

Trong chùa còn lưu giữ hệ thống tượng Phật thời Lê bằng gỗ khá đầy đủ. Tượng Phật chùa Bổ Đà không chỉ có giá trị lịch sử về sự phát triển của đạo Phật của thiền phái Trúc Lâm nó còn là những tác phẩm nghệ thuật điêu khắc phong phú. Trong đó có toà Cửu Long. ở đây còn  cây đèn thời Lê bằng gỗ. Mỗi cây cao 0,60m; 1 choé cao 0,60m, 1 lọ độc bình, 1 quả chuông đồng cao 1m, đường kính 0,60m có niên hiệu Tự Đức.

Hai án thư ở nhà tam bảo sơn son thiếp vàng chạm khắc tinh xảo. Các bức đại tự, hoành phi, câu đối được sơn son thiếp vàng lộng lẫy. Chùa còn 1 chiéc mõ cá dài 0,60m.

Chùa còn lưu giữ nhiều bộ sách kinh Phật. Ván in kinh có ba loại: Nam hải ký quy, Yết ma hội sắc, Lăng nghiên chính mạch. Những bộ sách Hán Nôm này một số đã được dịch và in ra chữ quốc ngữ. Các di vật đồ thờ tượng phật phải kế đến khu vườn thập, không chỉ có giá trị về mặt nghệ thuật kiến trúc mà còn cả về mặt lịch sử Phật giáo. Ngoài giá trị vật chất của di tích, từ xưa khu vườn chùa Bổ Đà đã là trung tâm sinh hoạt tín ngưỡng của nhân dân.

Hội chùa Bổ Đà hàng năm tổ chức từ ngày 15 đến 19 tháng 2 âm lịch rất long trọng và đông vui. Đó là ngày giỗ tổ khai sơn lập ra chùa Bổ Đà, thanh niên nam nữ khách thập phương kéo về dự hội rất đông. Ngoài ra, ngày 8 tháng 4 Phật đản làm lễ dâng hương ở chùa, ngày 15 tháng 7 lễ tán hạ.

Chùa Bổ Đà là trung tâm Phật giáo đã kế tục các vị tăng già nhiệt tình yêu nước, cách mạng. Trong  thời kỳ phong kiến thực dân thống trị đã có nhiều vị sư đã đi cùng nhân dân tham gia khởi nghĩa hoặc là cơ sở cách mạng. Sư cụ Đức Chính là một điển hình cho sơn môn Bổ đà, cụ đã có thành tích yêu nước, được Nhà nước tặng Huân chương kháng chiến hạng ba, là Phó hội trưởng hội Phật giáo thống nhất Việt Nam cho đến nay các vị tăng ni thuộc giáo phái Bổ đà vẫn phát huy truyền thống tốt đẹp này biểu thị cho tinh thần đại hùng đại lục của đạo Phật đã thấm nhuần hàng Phật tử Việt Nam.