Nằm gần trung tâm Phật giáo Luy Lâu, lịch sử chùa Tiêu Sơn gắn liền với lịch sử dựng nước của dân tộc. Linh khí đất Tiêu Sơn đã sản sinh cho dân tộc một người con ưu tú. Đó là vua Lý Thái Tổ.
Đến Tiêu Sơn, ngay trên đường lên nhà Tổ và chùa chính, ta gặp một nhà bia. Ở hai cột nhà bia đắp nổi đôi câu đối:
Lý gia linh tích tồn bi ký
Tiêu lĩnh danh khu đắc sử truyền
(Dấu thiêng nhà Lý còn bia tạc,
Danh thắng non Tiêu có sử truyền)
Ở giữa nhà bia đặt một tấm bia bằng đá nhám kích thước 60 x 40 x 25cm, mặt chính khắc bốn chữ “Lý gia linh thạch”. Bia trước ở vách núi, ba mặt bị đất cỏ che lấp, khi chuyển vào nhà bia, người ta mới biết mặt sau có khắc chữ Hán. Ông Nguyễn Công Nha, người làng Đình Bảng đã dịch nghĩa. Xin trích một đoạn: “Chùa Thiên Tâm có Lý Vạn Hạnh chủ trì tăng viện người làng Cổ Pháp. Đặc biệt phía Đông chùa, bên tả ngạn sông Tương có bà họ Phạm khi lên chùa đèn nhang thường thấy một vị thần hầu đứng cạnh cột chùa. Người dạy đi theo vào giữa hang núi lấy của. Điềm hóa khói hương bay hiện Lục giáp thần thông. Từ ấy, sư bà ngẫm sự việc hiện nơi mặt đá lúc ngồi trên núi (thấy trong người có sự linh nghiệm khác thường). Rồi ngẫu nhiên thành có thai sinh người con họ Lý”.
Ngay sau ngày bà Phạm Thị có thai, vì lễ giáo thời đó, từ chùa Tiêu bà đã không thể về quê mẹ ở Hoa Lâm. Bà được Lý Khánh Văn, em trai Lý Vạn Hạnh đưa về Đầm Sấu chăm sóc. Ngày 12 tháng 12 năm Giáp Tuất (974), bà sinh Lý Công Uẩn tại cái am nhỏ ở chùa. Từ đó ngôi chùa được dân gian gọi là chùa Dặn. Lý Công Uẩn tư chất thông minh lại được Lý Khánh Văn nuôi dạy chu đáo. Tháng 10 năm Kỷ Dậu (1009), Lê Long Đĩnh mất, được sự giúp rập của quốc sư Vạn Hạnh, Điện tiền chỉ huy sứ Lý Công Uẩn lên ngôi vua, tức vua Lý Thái Tổ, trở thành vị vua khai sáng triều Lý.
Chùa Thiên Tâm quy mô to lớn. Trước đây, hằng năm có hàng trăm tăng, ni từ khắp nước về đây nghe kinh, giảng đạo. Trong nhiều thế kỷ, chùa là nơi khắc ván in các bộ kinh lớn của nhà Phật. Vào năm đầu của cuộc kháng chiến chống Pháp, ngôi cổ tự bỗng chốc đã biến thành đống tro tàn. May thay ở sườn núi còn khá nguyên vẹn 14 ngọn tháp, là nơi yên nghỉ của các vị sư tổ. Hình bóng ngôi chùa ta chỉ còn gặp thấp thoáng đâu đây trong những trang tiểu thuyết “Tiêu Sơn tráng sĩ” của nhà văn Khái Hưng.
Vào những năm 80 của thế kỷ XX, chùa Tiêu Sơn đã được dựng lại đơn sơ trên nền móng cũ. Năm 1992, nhân dân địa phương công đức tiền của dựng ngôi bảo tháp thờ vọng Lý Vạn Hạnh ở trước tòa tam bảo; lại dựng tượng vị thiền sư trên đỉnh núi Tiêu. Tượng Lý Vạn Hạnh tạo ở thế tọa thiền cao 8m, mặt hướng về phía kinh thành Thăng Long. Năm 2001 dựng lầu Bồ Tát giữa hồ nước lớn trước chùa. Năm 2002 dựng nhà Tổ. Năm 2003 dựng tam bảo theo kiến trúc xưa.
Điều đặc biệt là khi chùa Tiêu Sơn vừa hoàn thành việc tôn tạo thì các bô lão ở địa phương chợt nhớ đến lời của dân làng từ bảy tám mươi năm trước nói rằng ở ngôi tháp trước tòa tam bảo có cốt một nhà sư. Ngày ấy, qua khe gạch nứt vỡ người ta đã nhìn rõ hình hài pho tượng táng. Sau do chiến tranh và sợ bị động, nhà chùa đã xây bịt cửa tháp. Chắp nối lời kể và qua khảo sát thực tế, vị sư trụ trì đã xác định được vị trí của ngôi tháp đó. Tháp xây gạch cao hai tầng. Tầng một của tháp rộng 2,4m. Ở bốn mặt tầng hai của tháp có gắn các hoa văn trang trí bằng đất nung cỡ 30 x 30cm. Ở riềm bức họa gắn tại cửa chính có đắp nổi các chữ Hán viết theo lối chữ triện. Đọc các dòng chữ đã xác định được ngôi tháp này là của Hòa thượng Thích Như Trí, tên hiệu Tính Không và tháp được xây vào năm thứ tư niên hiệu Bảo Thái (1723). Hòa thượng Thích Như Trí là người có công trùng san và in nhiều bộ sách Phật học, trong đó có “Thiền uyển tập anh”. Trong lời tựa bản “Thiền uyển tập anh”, Nhà xuất bản Văn học in năm 1990, Hòa thượng Thích Thanh Tứ viết: “Thiền uyển tập anh là cuốn sách cổ của Phật giáo Việt Nam ghi lại các tông phái Thiền học và sự tích các vị thiền sư nổi tiếng vào cuối thời Bắc thuộc cho đến thời Đinh, Lê, Lý và một số ít vị lớp sau còn sống đến đầu đời Trần.
Đây là tác phẩm không những có giá trị về lịch sử Phật giáo mà còn là một tác phẩm truyền kỳ có giá trị về văn học, triết học và văn hóa dân gian.
Cho đến nay chúng ta chỉ có bản trùng san in năm Vĩnh Thịnh 11 (1715) thời Hậu Lê và bản in cổ nhất được Hòa thượng Thích Như Trí và các môn đồ của ngài khắc in ở chùa Tiêu Sơn, Từ Sơn, Bắc Ninh”.
Nhằm bảo quản lâu dài di cốt của một bậc cao tăng, ngày 5-3-2004, được sự đồng ý của chính quyền địa phương và các cơ quan chuyên môn, cửa tháp đã được mở. Ở vòm tháp có pho tượng Hòa thượng Thích Như Trí rất đẹp. Vẻ mặt tượng sống động và tự nhiên. Sư ngồi thiền trong tư thế “bán già” rồi viên tịch. Da tượng nom tựa đất nung. Nhìn dáng vẻ, biết lúc sống sư là người phương phi cao khoảng 1,7m. Đáng tiếc là nằm chỗ môi trường ẩm thấp trong nhiều năm đến nay pho tượng không còn nguyên vẹn nữa. Ở giữa sống mũi và mắt trái có lỗ thủng. Tay phải bị vỡ từ khuỷu tay. Tay trái vỡ cách nách 5cm đến hết bàn tay. Đùi phải bị thủng một lỗ to và vỡ từ đầu gối xuống đến ống chân. Điều làm những người nhìn thấy pho tượng vô cùng ngạc nhiên là ở những chỗ xương bị gãy vỡ, người ta thấy xương tủy như còn tươi.
Ngày 11-3-2004, pho tượng được các phật tử rước tới chùa Duệ Khánh cách chùa Tiêu Sơn 3km để tiến hành tu sửa. Sau khi khử trùng, diệt nấm mốc đã tiến hành gắn chắp các phần xương bị gãy vỡ rồi sơn phủ nhiều lớp sơn ta ở bên ngoài. Khác với hai pho tượng chùa Đậu ở huyện Thường Tín, tượng chùa Tiêu Sơn không thếp vàng thếp bạc mà người phục chế phải tái hiện được da tượng như lúc mới phát hiện.
Sau khi tu bổ, tượng được bảo quản trong hòm kính, có khí nitơ và đặt ở vị trí trang trọng tại chùa Tiêu Sơn để nhân dân và phật tử khắp nơi đến chiêm bái.
Công việc tu bổ tượng chùa Tiêu Sơn diễn ra trong ba tháng. Người đảm trách công việc là PGS.TS Nguyễn Lân Cường, nhà nhân chủng học, người đã phục chế thành công các pho tượng táng ở chùa Phật Tích, Bắc Ninh và pho tượng chùa Đậu, huyện Thường Tín, Hà Nội.