Chùa được dựng vào thời Hậu Lê. Vào thời đó, chùa là cơ sở đào tạo tăng tài cho Phật giáo. Sau đó gặp hỏa hoạn bị hư hỏng hoàn toàn. Có tài liệu cho rằng chùa nằm trong khu vực diễn ra trận đánh Đống Đa năm 1789 nên bị đổ nát, sau được nhà sư Chiếu Liên xây dựng lại với sự hỗ trợ của Đô đốc Trần Văn Lễ (thời Tây Sơn) đã từng ém quân ở chùa. Ông còn cho đúc quả đại hồng chung và pho tượng Cửu Long cúng chùa. Trong thế kỷ 20, các Phật tử đã đóng góp công của để xây dựng phần lớn các công trình làm nên hình hài ngôi chùa Phúc Khánh như ta thấy ngày nay. Chùa qua nhiều lần trùng tu, xây dựng vào các năm 1853, 1921, 1932, 1935, 1940, 1993, 1996, 1998. Đặc biệt, năm 1940, Hòa thượng trụ trì Thích Trung Thứ đã cho kiến thiết ngôi chùa, làm cơ sở đào tạo tăng tài, điểm an cư kiết hạ hàng năm của chư tăng. Trong kháng chiến chống Pháp, chùa bị phá; năm 1950, dân làng đã góp công góp của xây dựng ngôi chùa ngày nay.
Bên trong chùa Phúc Khánh
Chùa gồm công trình kiến trúc thờ Phật kiểu truyền thống: Tam quan mở 3 cửa vòm giữa là cửa lớn, hai bên nhỏ hơn. Trụ đắp hình con sấu quay đầu vào nhau. Sau tam quan là một sân nhỏ dẫn đến tiền đường. Trong đó, tiền đường và hậu cung thuộc phật điện. Tiền đường có 5 gian, chính giữa bờ nóc có đắp nổi hình cuốn thư 3 chữ Hán “Hoành Kim Điện” (Điện rồng vàng). Các vì kèo và kẻ đều được chạm trổ công phu đề tài là cúc điệp, tùng hạc, liên áp... Hậu cung gồm 3 gian làm khá đơn giản. Điện Mẫu, nhà Tổ cũng có kết cấu vì kèo quá gian. Nhà khách và nhà trai làm kiểu đầu hồi bít ốc. Bài trí thờ tự trong chùa được bố trí từ ngoài vào trong, ở Tiền đường có 2 bệ thờ tượng Khuyến Thiện, Trừng Ác, 2 bệ thờ Đức ông và Giám trai. Tại Hậu cung đặt tượng Cửu Long, hai bên là tượng Phạm Thiên và Đế Thích, lớp tượng Quan Âm, tượng Phật Niêm Hoa, A Di Đà Tam tôn (A Di Đà, Quan Âm, Đại Thế Chí), Tam thế. Trong nhà Tổ thờ các vị sư từng trụ trì tại chùa đã viên tịch. Di vật trong chùa còn khá phong phú với 20 pho tượng được tạc vào thế kỷ XVIII mang đậm phong cách nghệ thuật Tây Sơn, bia đá 21 tấm, sớm nhất là bia Chính Hòa 19 (1698). Chuông đồng 3 quả, 1 quả thời Cảnh Thịnh 4 (1796); cửa võng 14 bộ và một số đồ thờ khác như bát hương đồng, lư hương đá, nhang án...
Lịch sử lâu đời của ngôi chùa với nhiều công trình kiến trúc cổ kính cũng chỉ là một phần trong các yếu tố thu hút đông đảo Phật tử đến chùa. Theo những cao niên nơi đây, còn có nhiều nguyên nhân khác khiến chùa được nhiều người lựa chọn là nơi lễ Phật cầu an, giải hạn... Sau những lời cầu khấn cho một năm mới làm ăn sung túc, nhiều người đến ban thờ Đức ông để rút quẻ đầu năm. Đặc biệt, loại hình sinh hoạt tâm linh tiêu biểu của chùa Phúc Khánh là lễ cầu an, lễ cầu siêu và lễ dâng sao giải hạn. Theo quan niệm nhà Phật, đại lễ cầu an mang ý nghĩa cầu cho quốc thái dân an, người người được sống trong cảnh thanh bình, yên ổn.
Tháng Giêng là tháng đông nhất, mỗi ngày, có hàng nghìn Phật tử đổ về đây. Đặc biệt là trong các khóa lễ, trong các năm trước người dân thường đứng kín từ trong chùa tràn ra đến ngoài phố Tây Sơn, lan sang cả Ngã Tư Sở, nhiều người còn chấp nhận đứng xa cả cây số để vái vọng. Theo lịch các khóa lễ đầu năm của chùa Phúc Khánh, lễ cầu an được tổ chức vào ngày 14 tháng Giêng. Còn lễ dâng sao giải hạn được tổ chức vào các ngày mùng 8, 15 và ngày 18 tháng giêng. Ngày mồng 8 Tết âm lịch, khóa lễ đầu tiên trong năm được tổ chức, đó là khóa lễ dâng sao La Hầu. Để tham gia các khóa lễ của nhà chùa, người dân thường phải đến chùa đăng ký trước.
