Tòa nhà chính ở Cơ Mật Viện

Năm 1738, Chúa Nguyễn Phúc Khoác đã chọn nơi này để xây dựng thủ phủ Phú Xuân. Sau khi xây dựng xong thì đổi tên là Chính Dinh, và đến năm 1754 thì gọi là Đô Thành Phú Xuân - là trung tâm văn hóa chính trị xứ Đàng Trong của các Chúa Nguyễn cho đến năm 1775. Sau đó bị quân Trịnh chiếm đóng (1775-1786), rồi trở thành kinh đô của triều đại Tây Sơn (1786-1801).

Năm 1802, vua Gia Long lên ngôi, mở ra một vương triều mới. Đồng thời Thủ phủ Phú Xuân cũng bị triệt giải và khu vực Tam Tòa hiện nay được dùng để xây chỗ ở cho Hoàng tử Đảm (sau này trở thành vua Minh Mạng).

	Voi quì trước cổng Cơ Mật Viện trước năm 1945

Năm 1816, khi hoàng tử Đảm được phong Hoàng thái tử và chuyển về nơi ở mới ở phía đông kinh thành, nơi đây trở thành nơi ở của Hoàng tử Nguyễn Phúc Chẩn (em vua Minh Mạng), và về sau trở thành nơi ở của Nguyễn Phúc Thiện Khuê - con trai trưởng của Nguyễn Phúc Chẩn.

Năm Minh Mạng thứ 20 (1839), khu đất này được lấy lại để xây chùa Giác Hoàng - ngôi chùa được vua Thiệu Trị xếp vào một trong 20 thắng cảnh của đất thần kinh thời bấy giờ.

Tòa nhà chính Tam Tòa hiện nay

Đến cuối thế kỷ XIX đầu thế kỷ XX, sau khi Việt Nam mất hẳn chủ quyền vào tay thực dân Pháp, tòan bộ kiến trúc của chùa Giác Hoàng bị Pháp cho triệt giải để xây dựng Viện Cơ Mật (hoàn thành năm 1903) (tức Tam Tòa ngày nay). Tên gọi Tam Tòa là do dân gian đặt, vì trong khuôn viên này, ngoài công trình chính là Viện Cơ Mật, còn có hai dãy nhà hai bên. Dãy bên phải được xây làm văn phòng của các ông Hội lý người Pháp và dãy bên trái được xây làm Bảo tàng Kinh tế. Từ đó đến nay, di tích này không có gì thay đổi về mặt kiến trúc nhưng chức năng thì lại khác.

Từ 1955 đến 1975, dưới chế độ cũ, hai dãy nhà hai bên trở thành văn phòng của các cơ quan tư pháp địa phương (tỉnh Thừa Thiên và thành phố Huế), còn tòa nhà chính (tức Viện Cơ Mật) được dùng làm nơi xét xử các vụ án từ sơ thẩm đến thượng thẩm.

	Cổng chính Tam Tòa

Từ năm 1975 đến 1976, Ủy ban Quân quản Trị Thiên Huế đóng và làm việc tại khu vực này. Từ năm 1976 -1989, Tam Tòa trở thành trụ sở của Tỉnh ủy tỉnh Bình Trị Thiên, rồi Tỉnh ủy tỉnh Thừa Thiên Huế (1989 - 2000).

Tháng 10/2000 đến nay, Tam Tòa được chuyển giao cho Trung tâm BTDTCĐ Huế quản lý.